Все основные элементы фирменного знака и  логотипа: форма, цвет, графика, образ, призваны сразу указать на статус – государственное научное учреждение. Фирменный стиль должен подчеркнуть солидность, уверенность, динамику и перспективу.

Цвета: темно-зеленый и ярко травяной четко отсылают к роду занятий - сохранение и распространение генофонда растительного богатства Южного Урала.  Ботанический сад–институт - царство цветов,  кустарников и деревьев.

Шрифт - твердый и строгий - говорит о ясности и прозрачности. Силуэт кроны мощного раскидистого дуба – символ силы, прочности, надежности, долголетия. Поле знака прорезано канавками, напоминающими следы резца на гравировальной доске. Символизирует культуру, традиции и одновременно напоминает об образе: сад - это нечто возделанное человеческими руками, охраняемое, оберегаемое в отличие от дикого леса.